Compte tenu de la diversité des missions qui peuvent incomber au PETR, des commissions thématiques, réunies en fonction des projets mis en œuvre peuvent voir le jour. Elles porteront sur un thème leur étant propre, pré-défini, en fonction des besoins du moment : commission « marchés publics », « tourisme », « économie », etc.
Ces commissions constituent un espace de travail et de discussion autour des questions qu'elles ont a étudier. A cette occasion, elles peuvent formuler des propositions. Ces dernières seront ensuite soumises au comité syndical.